Nachtrag: offensichtlich scheint das nicht am Indizieren zu liegen, sondern ein grundsätzliches Problem von DTPO bei der Behandlung von PDF-Dokumenten mit Texterkennung zu sein.
Hier habe ich englischsprachige Posts gefunden, die das gleiche Problem beschreiben:
Leider ist bei keinem eine Lösung angegeben, falls also jemand etwas darüber weiß, wäre ich über Hinweise dankbar, bevor ich unnötig viel weitere Zeit investiere (ich hatte schon mit erneutem Einscannen begonnen und nach einigen Stunden bemerkt, dass nach jeder Änderung an der Datei auch diese nicht mehr als PDF+Text erkannt wird).
Übrigens: kurioser Weise sind die PDFs sogar weiterhin durchsuchbar, darauf hat einer der genannten Posts hingewiesen. Man kann aber nicht weiter damit arbeiten (auswählen, kopieren, markieren usw.).