Deine Daten befinden sich ja auf den einzelnen Geräten; dabei sind evtl. nicht alle Daten auf allen Geräten (weil ja der Sync nicht funktioniert). Aber dein SyncStore ist ja weder ein Backup noch zu jeder Zeit ein vollumfängliches Abbild deiner Daten. Das heißt, du kannst dein SyncStore jederzeit löschen und neu anlegen - einzige Konsequenz: die Daten werden halt nochmal hochgeladen, und das kann dauern.
Einen SyncStore löscht man - z.B. von DT3 aus - indem man unter Einstellungen/Sync aus dem Kontextmenü des entsprechenden Syncs den entsprechenden Eintrag wählt. Ich habe DT auf Englisch, hier wäre der notwendigen Menüpunkte “clean location”; wenn im Log Erfolg signalisiert wird, dann wieder die gewünschten Datenbanken auswählen, warten bis hochgeladen, und dann den Sync auf den anderen Geräten nochmal anstoßen. Es lohnt sich evtl. das Datenbank für Datenbank zu machen.
Es gibt zudem zig Threads im Forum zu diesem Thema (einfach nach “manifest” suchen); diese könnten dir durchaus auch weiterhelfen und sind lesenswert.
Ganz konkret ist z.B. dein Fall hier beschrieben, inkl. der Anleitung wie man von iOS aus den SyncStore bereinigt.