Wenn Du ein Skript in Apple Mail installiert hast, ist das mE keine intelligente Regel im Sinne von DT. Aber es ist eben ein Skript, das man auch ändern können sollte.
Ich kenne es nicht und habe es auf die Schnelle nicht gefunden. Aber vermutlich nimmt es einfach die Anhänge und kopiert die in DT. Man müsste also diese Stelle so ändern, dass es nur PDFs kopiert, etwa indem es sich den Dateinamen oder den MIME-Type anschaut.
Edit: Ja, die Klasse attachment der Mail-App hat die Eigenschaft mime type. Wenn der application/pdf ist, muss das Script das Attachment nach DT kopieren, sonst nicht.
Ich habe das Script gefunden (globales Script-Menu von Mail). Aber es scheint nicht so einfach zu sein, den MIME-Type eines Attachments abzufragen (ein Bug in Apples Software, offenbar – what else is new). Glücklicherweise hat @pete31 schon ein Script für diese Aufgabe gebaut: