Das wäre auch meine Vermutung; diese Dateien sind wohl nicht vollständig synchronisiert worden, liegen also nur auf dem ursprünglichen Rechner und wurden von diesem nicht in den Sync-Store auf CloudKit geladen und somit auch nicht vom aktuellen Mac heruntergeladen. Deswegen werden sie von DT zwar aufgeführt, fehlen aber.
Die Entstehung der Duplikate kann ich mir ad hoc nicht erklären; die 0-Byte-Dateien könnten leider etwas mit dem Problem der Geisterdateien zu tun haben.
Wie das Problem lösen? Die fehlenden Dateien werden wohl wieder auftauchen wenn du den Mac, auf dem sie importiert worden sind und von dem aus sie nicht vollständig synchronisiert worden sind, wieder an den Sync anschließen kannst.
Die leeren Dateien sind - so denn hier das Geisterdateienphänomen zugeschlagen hat - wohl nur in einem Backup zu finden. Allerdings: wenn der vom Sync abgehängte Mac schon länger nicht mehr synchronisiert worden ist, könnten sie dort noch vorhanden sein. Es würde sich lohnen, eine aktuelle Kopie jeder Datenbank auf jedem Gerät zu ziehen bevor du weiter machst.
Die Duplikate bleiben für mich unerklärt; hier ist wahrscheinlich Hand anlegen gefragt - in den entsprechenden Intelligenten Regel sind alle Duplikate aufgeführt; sie von hier nochmal zu löschen ist ein Einfaches (mit Scripts/Data/Move Duplicates to Trash).
DEVONtech bietet erforderlichenfalls auch direkten Support über ein Ticketsystem an - Jim benutzt dabei DeepL um Anfragen auf Deutsch zu bearbeiten.