Was ich nicht verstehe: Wenn ich ein in DEVONthink abgelegtes Dokument in Vorschau.app öffne und bearbeite, kann ich die Änderungen nicht direkt speichern, es wird eine Kopie des Dokument angelegt.
Mache ich das gleiche mit PDFpen, kann ich das Original bearbeiten und muss nicht erst eine Kopie anlegen.
Das liegt leider allein an der Vorschau.app, die das aus welchem Grund auch immer bei Dokumenten, die sich im Library-Ordner befinden (z.B. dem globalen Eingang), für sinnvoll hält.
Highlights oder PDF Viewer sind beide in der kostenlosen Variante durchaus gut nutzbar.
Da Preview generell dieses Problem zeigt wenn Daten in versteckten Ordnern lagern (unabhängig von DT), könnte man auch eine andere Datenbank nutzen, die nicht in dem Library Ordner liegt. Also vielleicht mit Smart Rule einfach PDFs aus der global inbox in eine Zwischenablage Datenbank verschieben, die in keinem versteckten Ordner im Finder lagert. Dann klappt es auch mit Preview PDFs zu editieren.