Hallo!
Das kannst du in DTPO mit Hilfe einer intelligenten Gruppe lösen. Ich hatte das Vorgehen an dieser Stelle schon mal beschrieben:
Dort werden dann alle PDFs, nicht noch keine Texterkennung durchlaufen haben, angezeigt. Du kannst sie alle markieren und mit einem einzigen Mausklick - wie bereits vorgeschlagen - in durchsuchbare PDFs konvertieren.
Ob diese Möglichkeit auch mit der von dir verwendeten Version von DEVONthink funktioniert, kann ich dir allerdings nicht sagen…